Projektbereich B

Projektbereich D:

Der Bereich D von CompuGene beschäftigt sich einerseits damit, das proof-of-concept der computer-basierten Schaltkreissynthese aus den Bereichen A bis C in konkrete Anwendungen zu überführen und anderseits die gesellschaftlichen Implikationen der dieser Anwendungen und der dazugehörigen Forschung zu bestimmen.

Die effiziente Umsetzung der Verfahren zum Schaltkreisentwurf aus den Bereichen A bis C bedarf einer rapid-prototyping-Infrastruktur zur Evaluation von Implementierungsvarianten und zur Anwendung der Verfahren auf komplexerer Schaltkreise.

CompuGene kombiniert die trial-and-error Vorgehensweise mit rationalem Design, was das Forschungsvorhaben für wissenschaftsphilosophische Fragestellungen interessant macht. Je reflektierter und robuster das in CompuGene generierte Wissen ist, desto vertrauenswürdiger wird es sich auch in gesellschaftlichen Risikodebatten erweisen.

Projekt D-1

Rapid Prototyping und Anwendungen

Projektleiter: Johannes Kabisch

Das Ziel von D-1 ist die Identifikation und Entwicklung von optimalen DNA-Assemblierungsmethoden und deren Umsetzung in zwei konkrete Schaltungsimplementierungen. D-1 widmet sich folgenden Forschungsfragen: (1) Evaluation existierender Assemblierungsmethoden hinsichtlich Zuverlässigkeit und Effizienz anhand der Logikschaltkreise aus den Bereichen A bis C. (2) Aufbau einer rapid protoyping Infrastruktur für die Entwürfe aus C-4 in beiden in vivo Modellsystemen. (3) Verknüpfung des anvisierten Logik-basierten Diagnoseschaltkreises mit den intrazellulären Stresssignalen in S. cerevisiae.

Projekt D-2

Design und Evolution im Spannungsfeld von ingenieur- und naturwissenschaftlicher Biologie

Projektleiter: Alfred Nordmann

Das Ziel des wissenschaftsphilosophischen Beitrags ist es, den Aushandlungsprozess zwischen den an CompuGene beteiligten epistemischen Kulturen zu unterstützen und zu untersuchen. In diesem Ziel vereinigen sich vier Teilziele: 1) Die wissenschaftshistorische und -philosophische Kontextualisierung von CompuGene in Bezug auf die internationale Wissenschafts- und Technikforschung zur Synthetischen Biologie, 2) die Erstellung eigener Forschungsbeiträge aus der teilnehmenden Beobachtung des Umgangs mit Wissensanforderungen und Wissensgrenzen, dem Begriffspaar Design und Evolution; 3) Beiträge zur projektinternen Verständigung durch Rückspiegelung und Angebot eines begrifflichen Rahmens; 4) Einbettung in gesellschaftliche, insbesondere schulische Diskussionszusammenhänge bezüglich Responsible Resarch and Innovation und der Kulturbedeutung von biologischer Forschung im Ingenieurmodus.